يتميز مناخ مدينة العبور بالمناخ المصري النموذجي، حيث يكون الصيف حاراً والشتاء معتدلاً. يمكن أن تصل درجات الحرارة في الصيف إلى مستويات عالية، لكن الرطوبة منخفضة نسبياً. الشتاء مريح، مما يسمح للسكان بالاستمتاع بالأنشطة الخارجية، ويجعل المناخ بشكل عام المدينة مناسبة للعيش على مدار العام.